PhpStorm の Terminal のコンソールに Git の Bash を指定していて、それを使ってスクリプトを走らせて、Git でブランチをスイッチしてマージしようとしたらパーミションエラーがでてそのスクリプトをリネームもコピーも消せもしなくなった。結局、PhpStorm のコンソールのプロセスが終了していなかったのが原因。exit コマンドを打ったらすんなり解決。